Meningokokken führen in erster Linie zu Hirnhautentzündung und/oder Blutvergiftung. Ihr Verlauf ist oft schwer. Die Symptome einer Meningitis (Gehirnhautentzündung), starke Kopfschmerzen, hohes Fieber und Nackensteifigkeit, Übelkeit und Erbrechen, bei der septischen Form Hautblutungen, sind Alarmzeichen und sollten sofort behandelt werden. Bei Säuglingen sind unter anderem Appetitlosigkeit, Teilnahmslosigkeit und der Unwille bei Berührungen mögliche Krankheitszeichen. Bleibende Nervenschäden, wie z.B. Lähmungen oder Gehörverlust können entstehen.